A Bethlen Gábor Alap pénzeszközeinek kezelését a 2011 áprilisában létrehozott nonprofit gazdasági társaság, a Bethlen Gábor Alapkezelő Zrt. végzi. A Bethlen Gábor Alap elkülönített állami pénzalap, amelynek célja a Magyar Kormány nemzetpolitikai stratégiájához kapcsolódó célok megvalósulásának elősegítése. Kiemelt feladata a külhoni magyarság szülőföldjén történő egyéni és közösségi boldogulásának, anyagi, szellemi gyarapodásának elősegítése és kultúrájának megőrzése érdekében támogatások nyújtása. Feladata a támogatások igénybevétele és hatékony kihelyezése céljából átlátható pályázati rendszer működtetése. Az Alapkezelő tevékenységével hozzájárul a világ összmagyarsága nemzettudatának erősítéséhez, a magyar-magyar kapcsolatok ápolásához.

Az Alapkezelő a határon túli oktatás-nevelési pályázatokon kívül, melyek több mint 250 ezer külhoni támogatottat: gyermeket és fiatalt érintenek, természetes és jogi személyek, önkormányzatok, intézmények, egyházak és civil szervezetek számára nyílt pályázati rendszert működtet, egyedi támogatási kérelmek elbírálásának adminisztrációját végzi. A Kormány nemzetpolitikai stratégiájához igazodva meghívásos pályázati felhívásaival támogatja azon kiemelt nemzeti jelentőségű szervezeteket, intézményeket, illetve programokat, amelyek nagy hangsúlyt fektetnek a határon túli magyarság önazonosságának megőrzésére.

A Bethlen Gábor Alapkezelő koordinálja a Magyarság Háza projektet. A Magyarság Háza az elkövetkezendő években fokozatosan olyan nemzeti-kulturális, közművelődési, oktatási, módszertani, turisztikai és rendezvényközponttá vált, amely a Magyarország határain belül és kívül élő magyar közösségek közötti kapcsolatokat, a pozitív magyarságkép kialakulását erősíti. A több fázisban felújítandó intézmény nemcsak turisztikai és kulturális központként, hanem kiállítóhelyként, magyarságismereti és nemzetpolitikai kutatások központjaként, vonatkozó oktatás-módszertani központként is működik. A 2011 végén alakult Nemzetpolitikai Kutatóintézet a Bethlen Gábor Alapkezelő Zrt. szervezeti keretei között jött létre a Magyarság Házában.