A Bethlen Gábor Alap forrásainak felhasználására irányadó alapelvek a következők:

átgondolt fejlesztéspolitika: a határon túli magyar közösségek hosszú távú stratégiai céljaihoz illeszkedő fejlesztési tervekkel összhangban, valós igényfelmérésen, átfogó célrendszeren és finanszírozási szükségleten alapuló támogatáspolitika érvényesítése,

támogatások koncentrálása: stratégiai célok mentén ágazati célcsoportok, pályázati célok szerint definiált, stratégiai szempontból kiemelt jelentőségű támogatások nyújtása, melyek képesek rendszerszintű eredmények generálására,

projektalapú támogatás-tervezés és felhasználás ösztönzése, mely közvetetten a helyi közösségek átfogó fejlesztési programjainak átgondolását, további források bevonását, beavatkozási területek tudatosítását eredményezi,

partneri közreműködés: az Alapkezelő szakmai közreműködésével a nemzetpolitikai stratégiaalkotás folyamatában résztvevő államigazgatási szereplők és a határon túli magyar közösségek képviselői közötti párbeszéd, valamint hatékony, operatív megvalósítási folyamatok kialakítása,

szubszidiaritás elvének érvényesítése: a Magyar Állandó Értekezlet ajánlásai alapján olyan differenciált támogatási rendszer kialakítása, melyben a pályázati támogatások meghatározott kereteire vonatkozó döntési, felhasználása javaslatok a helyi közösségek képviselőinek közreműködésével történnek.